1992 - Abandonné suite aux évènements de 1980, le projet UFO renaît de ses cendres lorsque l’US Air Force se fait dérober des éléments de sa panoplie Star Wars en orbite terrestre. Jesse Keys et Jacob Clarke morts, Eric Crawford et Chet Wakeman s’intéressent désormais à leur progéniture : Charlie (Adam Kaufman) et Lisa (Emily Bergl). 1993 - Tandis que Lisa met au monde une petite fille d’un père inconnu, Eric Crawford recrute sa fille, Mary (Heather donahue), dans son organisation.